ブラジルのアマゾン川右岸の主な支流です。アマゾナス州とパラ州を通過しますが、その上流はマットグロッソ州を横断します。その長さは810kmですが、右岸の支流であるテレスピレス川をいれると2,291kmに達します。
川の上流は、ディアマンティーノ地方の高原から始まります。マトグロッソのその部分を流れる一連の川と小川が合流してテレスピレス川（またはマノエル川）とアリノス川を形成します。アリノス川は後にジュルエナ川に合流してアルトタパジョス川を形成します。 テレスピレス川と合流するまでその名前を維持します。
ジュルエナ川とテレスピレス川の合流点にあるバラドサンマノエルで、タパジョス川という名前に変わります。川はアマゾン国立公園に隣接します。

タパジョス川は青緑色の水で知られています。そのコースでは、その土手は川に向かって穏やかに下る明るい白い砂浜です。アマゾンのほとんどの川とは異なり、その水は透明です。最後の150kmは、幅が7〜16 kmです。アマゾンとの合流点では、アマゾン自体よりも幅が広くなっています。ここでは、川の深さはわずか40cmです。
タパジョス川は、サンタレン出身のネイティブアメリカンの部族であるタパジョスインディアンにちなんで名付けられました。ジャングルが閉鎖されており、カショエイラ（滝や急流）をナビゲートするのが難しいため、人口が非常に少ない川です。

主な支流
クルル川、トロパス川、クレポリ川、ジャマンシム川、アラピウンス川、レスト川　等。